Este control permite establecer condiciones de referencia específicas para cada tipo de masa de agua. Esto último supone un requisito esencial para determinar el estado ecológico, ya que, mediante comparación con dichas condiciones, se pueden valorar los resultados obtenidos en los programas de seguimiento. Igualmente permite evaluar las tendencias a largo plazo en el estado de las masas de agua debidas a cambios en las condiciones naturales. Los parámetros que se controlan en estas estaciones de muestreo corresponden a indicadores representativos de todos los elementos de calidad biológicos (fitoplancton, otra flora acuática, macroinvertebrados, peces), hidromorfológicos y fisicoquímicos.
