Valderejoko parke naturaleko faunaren jarraipen-programa Arabako Foru Aldundiaren ekimen bat da, parke natural horretako faunaren egoera monitorizatu eta ebaluatzeko. Programa honek hainbat espezie ditu ardatz, hala nola arrainak, narrastiak, anfibioak eta hegazti harrapariak. Programa 1996an hasi zen, Consultora de Recursos Naturales SLk egindako faunaren inbentario batekin. Inbentario horrek parkeko faunaren aldizkako jarraipena egitea proposatu zuen. Helburua da faunaren egoeraren aldizkako azterketa bat egitea, lehentasunezko edo interes bereziko espezieei arreta berezia eskainiz. Arrainen kasuan, jarraipena urtero egin da 1999tik, eta arrantza elektrikoa erabili da metodologia nagusi gisa. Monitorizatutako espezieen artean amuarrain arrunta (Salmo trutta fario) eta Haasi barboa (Barbus haasi) daude. Biak oso interesgarriak dira izaera endemikoa dutelako eta kaltebera gisa katalogatuta daudelako. Narrastien kasuan, programak barne hartzen du Psammodromus algirus eta Timon lepidus espezieak behatzea eta harrapatzea, parkean duten dentsitatea eta banaketa zehazteko. Anfibioen jarraipena 1995ean hasi zen, eta hainbat kanpainatan egin da, Ichthyosaura alpestris eta Discoglossus galganoi bezalako espezie katalogatuetan. Azkenik, programak hegazti harraparien eta intereseko beste hegazti batzuen monitorizazioa ere barne hartzen du, zentsu-ibilbideak eta lurraldeen mapaketa bezalako metodoak erabiliz.
